MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Streptococcus thermophilus LMD-9

Total Repeats: 9467

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008532	ACT	2	6	1478	1483	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008532	CTA	5	15	1576	1590	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_008532	ATA	2	6	1593	1598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008532	TAA	2	6	1600	1605	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_008532	T	6	6	2785	2790	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_008532	TTC	2	6	4085	4090	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_008532	AGT	2	6	4170	4175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008532	T	6	6	4204	4209	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008532	AGG	2	6	4214	4219	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_008532	CTA	2	6	4441	4446	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_008532	A	6	6	5751	5756	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008532	TAAG	2	8	9895	9902	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_008532	TA	3	6	9907	9912	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008532	CTTTT	2	10	9931	9940	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_008532	A	8	8	10020	10027	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008532	AGA	2	6	10037	10042	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008532	GGAAA	2	10	10054	10063	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008532	GAT	2	6	13410	13415	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_008532	TAA	2	6	13432	13437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_008532	TGA	2	6	16027	16032	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_008532	TGA	2	6	16975	16980	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008532	TGG	2	6	16992	16997	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_008532	T	6	6	17033	17038	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008532	GCG	2	6	17059	17064	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008532	GAT	2	6	17197	17202	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008532	AAT	2	6	17226	17231	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008532	ATG	2	6	17240	17245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_008532	TTCT	2	8	17299	17306	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_008532	ATG	2	6	17308	17313	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_008532	A	7	7	17362	17368	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_008532	CTT	2	6	17935	17940	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_008532	GCTC	2	8	17956	17963	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
33	NC_008532	TAT	2	6	17971	17976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_008532	AAC	2	6	17984	17989	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_008532	TAT	2	6	18040	18045	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008532	AAG	2	6	18118	18123	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_008532	TCG	2	6	18165	18170	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008532	TTC	2	6	18183	18188	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008532	AGC	2	6	18244	18249	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_008532	CAGT	2	8	18766	18773	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_008532	T	6	6	18790	18795	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008532	TAA	2	6	18828	18833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008532	A	6	6	18835	18840	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_008532	TTA	2	6	18841	18846	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008532	A	6	6	18846	18851	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_008532	A	6	6	18866	18871	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_008532	AAG	2	6	18887	18892	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008532	GAT	2	6	18894	18899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008532	GA	3	6	18921	18926	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008532	GAA	2	6	18937	18942	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_008532	A	6	6	18946	18951	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_008532	A	7	7	18956	18962	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_008532	AG	3	6	19010	19015	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008532	AGA	2	6	19064	19069	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_008532	GAC	2	6	19105	19110	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008532	ATT	2	6	19134	19139	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_008532	GGC	2	6	19182	19187	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008532	AG	3	6	19217	19222	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_008532	CTT	2	6	19232	19237	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008532	ATTT	2	8	19344	19351	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008532	TAG	2	6	19399	19404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_008532	CGA	2	6	19427	19432	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_008532	GCA	2	6	19501	19506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_008532	CGC	2	6	19548	19553	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_008532	GTGA	2	8	19554	19561	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008532	TGT	2	6	19587	19592	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_008532	CAG	2	6	19670	19675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_008532	AGCG	2	8	19725	19732	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
69	NC_008532	AT	3	6	19854	19859	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_008532	GGA	2	6	19860	19865	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008532	CT	3	6	19885	19890	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_008532	GAA	2	6	20124	20129	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_008532	GGT	2	6	20198	20203	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008532	GTC	2	6	20212	20217	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008532	TCGTG	2	10	20221	20230	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_008532	CAT	2	6	20280	20285	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_008532	TAA	2	6	20315	20320	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_008532	GGA	2	6	20324	20329	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_008532	ATC	2	6	20348	20353	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008532	AC	3	6	20375	20380	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_008532	TGGT	2	8	20390	20397	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_008532	CGC	2	6	20514	20519	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_008532	AC	3	6	20544	20549	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_008532	CAC	2	6	20559	20564	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_008532	AGCC	2	8	20606	20613	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_008532	GAT	2	6	20629	20634	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008532	CCT	2	6	20685	20690	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_008532	AGG	2	6	20787	20792	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_008532	GTAA	2	8	20881	20888	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_008532	ATAG	2	8	20895	20902	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_008532	GTTAA	2	10	20967	20976	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_008532	ACG	2	6	21030	21035	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_008532	TAG	2	6	21201	21206	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_008532	GCGA	2	8	21209	21216	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_008532	AGA	2	6	21288	21293	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_008532	AG	3	6	21316	21321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008532	TCG	2	6	21391	21396	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008532	GGA	2	6	21404	21409	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_008532	CT	3	6	21430	21435	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_008532	GGGAG	2	10	21485	21494	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_008532	ACA	2	6	21522	21527	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008532	ATG	2	6	21589	21594	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008532	GGA	2	6	21722	21727	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_008532	TC	3	6	21808	21813	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008532	ACC	2	6	21987	21992	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_008532	AT	3	6	22008	22013	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_008532	AGC	2	6	22067	22072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008532	ATTC	2	8	22074	22081	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_008532	GAA	2	6	22201	22206	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_008532	GAG	2	6	22217	22222	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_008532	GA	3	6	22347	22352	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008532	ACA	2	6	22373	22378	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_008532	TA	3	6	22401	22406	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_008532	CTAA	2	8	22428	22435	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_008532	TAG	2	6	22530	22535	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008532	GA	3	6	22642	22647	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
117	NC_008532	CTGA	2	8	22701	22708	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_008532	CT	3	6	22758	22763	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008532	GAT	2	6	22776	22781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_008532	CGG	2	6	22867	22872	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008532	GA	3	6	22965	22970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008532	TAGG	2	8	23083	23090	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_008532	GTT	2	6	23127	23132	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_008532	TAC	2	6	23137	23142	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_008532	CCT	2	6	23225	23230	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_008532	GGT	2	6	23361	23366	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008532	TCG	2	6	23476	23481	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_008532	CGT	2	6	23556	23561	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_008532	GTT	2	6	23659	23664	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_008532	AGGGA	2	10	23694	23703	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
131	NC_008532	GA	3	6	23780	23785	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_008532	GAAGTG	2	12	23805	23816	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_008532	ACTAAT	2	12	23835	23846	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_008532	AT	3	6	23880	23885	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_008532	TTGAG	2	10	23928	23937	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_008532	GTG	2	6	24151	24156	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_008532	AT	3	6	24309	24314	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_008532	A	6	6	24400	24405	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_008532	ACC	2	6	24513	24518	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
140	NC_008532	CGT	2	6	24550	24555	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_008532	GAG	2	6	24562	24567	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_008532	TAA	3	9	24658	24666	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_008532	CTC	2	6	24726	24731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_008532	CGC	2	6	24893	24898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
145	NC_008532	TA	3	6	24899	24904	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_008532	AT	3	6	24988	24993	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_008532	GGA	2	6	25008	25013	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
148	NC_008532	GCGT	2	8	25067	25074	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
149	NC_008532	TCC	2	6	25091	25096	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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151	NC_008532	TCG	2	6	25131	25136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_008532	CGG	2	6	25231	25236	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_008532	TGT	2	6	25260	25265	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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155	NC_008532	GGT	2	6	25422	25427	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_008532	TAG	2	6	28594	28599	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_008532	TCT	2	6	29650	29655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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171	NC_008532	TAA	2	6	29698	29703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_008532	TAA	2	6	29847	29852	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_008532	A	6	6	29885	29890	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_008532	TAA	2	6	29943	29948	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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186	NC_008532	ATG	2	6	30490	30495	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
187	NC_008532	T	6	6	30620	30625	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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237	NC_008532	AC	3	6	46106	46111	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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281	NC_008532	AGC	2	6	52549	52554	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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289	NC_008532	TGC	2	6	52824	52829	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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436	NC_008532	T	7	7	72771	72777	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
437	NC_008532	TA	3	6	72779	72784	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
438	NC_008532	T	6	6	72792	72797	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
439	NC_008532	TCA	2	6	77209	77214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
440	NC_008532	GA	3	6	77220	77225	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
441	NC_008532	AGTC	2	8	77230	77237	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
442	NC_008532	TTTG	2	8	77249	77256	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
443	NC_008532	TGA	2	6	77269	77274	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
444	NC_008532	T	6	6	77300	77305	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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446	NC_008532	T	6	6	78902	78907	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
447	NC_008532	TA	3	6	78914	78919	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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450	NC_008532	AATT	2	8	79150	79157	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
451	NC_008532	GTC	2	6	79191	79196	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
452	NC_008532	GTTG	2	8	79219	79226	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
453	NC_008532	GATT	2	8	79265	79272	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
454	NC_008532	TAT	2	6	79292	79297	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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461	NC_008532	ATT	2	6	79469	79474	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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469	NC_008532	ATA	2	6	80867	80872	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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471	NC_008532	AT	3	6	81030	81035	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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474	NC_008532	TTGC	2	8	81125	81132	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
475	NC_008532	GAA	2	6	81136	81141	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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499	NC_008532	TTGA	2	8	82253	82260	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
500	NC_008532	AGA	3	9	82261	82269	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

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